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離心分離的效果除了與高速冷凍離心機種類、離心方法、離心介質及密度梯度等因素有關以外，實際操作時，主離心機轉速和離心時間的確定、離心介質的PH值和溫度等條件也至關重要。

(一)離心機的轉速
離心加速度的大小取決于轉子的轉速和顆粒的旋轉半徑。在說明離心條件時，往往也用相對離心力場來表示。實際工作中，離心力場（圖示2）的數據是指其平均值。即是指在離心溶液中點處顆粒所受的離心力場。

(二)離心時間
離心時間依據離心方法的不同而有所差別。對于差速離心來說，是指某種顆粒完全沉降到離心管底的時間；對等密度梯度離心而言，高速冷凍離心機離心時間是指顆粒完全到達等密度點的平衡時間；醫用離心機的歷史與發展而密度梯度離心所需的時間則是指形成界限分明的區帶的時間。對于密度梯度離心和等密度梯度離心所需的區帶形成時間或平衡時間，影響因素很復雜，可通過試驗后確定。
顆粒的沉降時間又稱澄清時間，是指顆粒從離心樣品液液面完全沉降到離心管底所需的時間。沉降時間決定于顆粒沉降速度和沉降距離。

(三)溫度和PH值
為了防止分離物質的凝集、變性和失活，高速冷凍離心機除了在離心介質的選擇方面加以注意外，還必須控制好溫度及介質溶液的PH值等離心條件。離心溫度一般控制在4度左右，對于某些熱穩定性較好的酶等，離心也可在室溫下進行。但在超速或高速離心時，轉子高速旋轉會發熱從而引起溫度升高。故必須采用冷凍系統，使溫度保持在一定范圍內。
離心介質溶液的PH值應該是處于酶穩定的PH范圍內，必要時可采用緩沖液。另外，過酸或過堿還可能引起轉子和離心機的其他部件的腐蝕，應盡量避免。